Появились первые реальные данные о способности омикрона уходить от иммунитета. Увы, эта способность у него есть. И она выше, чем у его предшественников
Южноафриканские эпидемиологи получили первые данные о способности нового варианта коронавируса омикрон частично преодолевать естественный иммунитет к ковиду, который есть у переболевших. До сих пор — помимо чисто теоретического анализа многочисленных мутаций, приобретенных этим вариантом — надежных сведений на этот счет не было. «Медуза» рассказывает, что стало известно из этого исследования.
То, что новый вариант омикрон может быть способен уходить от иммунитета, приобретенного вакцинированными и переболевшими, до сих пор лишь предполагалось — на основе набора приобретенных вариантом мутаций.
Мутаций, во-первых, оказалось необычно много — более 50. Во-вторых, многие из них локализовались в области, важной для взаимодействия с нейтрализующими антителами — а именно, в RBD-домене S-белка. В-третьих, среди приобретенных омикроном мутаций были те, которые ранее прямо связывались с падением титра нейтрализующих антител у других разновидностей SARS-CoV-2 (1, 2). Однако более осязаемых — полевых или лабораторных — исследований возможности ухода от иммунитета для омикрона пока не было, ведь даже обнаружить его удалось лишь в прошлый вторник, 23 ноября.
Исследование сделано на основе анализа нескольких баз данных, содержащих результаты тестирования на коронавирус. Эти сведения собирались с начала пандемии разными медицинскими учреждениями ЮАР. Соединив разные базы, исследователям удалось сопоставить результаты тестов, которые в разное время проходили жители страны — и найти среди них события вероятных реинфекций. Повторной инфекцией в данном случае считался просто факт появления положительного результата теста спустя более чем 90 дней после предыдущего положительного результата (обычно методика определения повторной инфекции сложнее).
Задача ученых заключалась в том, чтобы на основе собранных данных установить, насколько изменился риск повторных инфекций в ходе разных волн заболеваемости. В ЮАР эти волны четко совпали с распространением нескольких новых вариантов:
- в первую, пришедшуюся на лето 2020 года, волну, доминировал исходный, «уханьский» SARS-CoV-2;
- во вторую, пик которой пришелся на январь 2021-го, превалировал вариант бета (ранее был известен как «южноафриканский»);
- в третью, начавшуюся в июне 2021-го, бета была вытеснена дельтой;
- наконец, в середине ноября в ЮАР началась новая вспышка заболеваемости, связанная с омикроном.
Поскольку известно, что вирусные частицы и варианта дельта, и тем более варианта бета хуже нейтрализуются антителами, выработанными при инфекции исходным уханьским штаммом (1,2,3,4,5), можно было ожидать увеличения риска реинфекций во вторую и третью волну заболеваемости. Чтобы проверить, так это или нет, и придумали исследование, результаты которого мы сейчас пересказываем: оно стартовало еще до того, как появились новости об омикроне.
Нужно сказать, что риск реинфекций, связанный с особенностями вируса, нельзя рассчитать просто на основе частоты таких событий, то есть количества найденных реинфекций за единицу времени. Это количество само по себе зависит от общей заболеваемости в данный период эпидемии. Поэтому, чтобы оценить это значение, ученые анализировали не частоту найденных повторных заражений, а сопоставляли соотношение первичных и вторичных инфекций в течение всей эпидемии.
Результаты анализа можно свести к двум пунктам:
- Несмотря на хорошо установленное падение связывающей силы антител против вирусов вариантов бета и — в меньшей степени — дельта, это падение никак не сказывалось на риске повторных инфекций — по крайней мере, в ЮАР. Иными словами, переболевшие уханьским штаммом повторно заболевали дельтой или бетой примерно с той же (или даже немного меньшей) вероятностью, чем тем же самым уханьским вариантом.
- Но вот в случае омикрона риск повторных инфекций вырос примерно вдвое относительно базового (пределы случайной ошибки 1,88-3,11).
Наглядно понять удвоение риска можно на таком примере
Предположим, в популяции имеется выборка в 1000 невакцинированных и не болевших ковидом человек, которые впервые столкнулись с вирусом в течение дня. Допустим, что заразились в результате такого столкновения 100 человек из этой тысячи.
Теперь, если мы возьмем точно такую же выборку в 1000 человек, но на этот раз все они будут переболевшими, можно ожидать, что повторно заразятся из них уже не 100, а 20 человек: защитная эффективность естественного иммунитета переболевших от повторного заражения составляет примерно 80%, что известно уже по нескольким крупным исследованиям (1, 2).
Удвоение риска повторных инфекций, обнаруженное в новой статье, говорит о том, что в случае варианта омикрон в точно такой же ситуации можно ожидать уже не 20, а 40 инфицированных. Это по-прежнему меньше, чем 100 заболевших среди полностью «иммунонаивных» людей, но, конечно, существенно больше, чем в случае вариантов дельта и бета.
Увеличение частоты повторных инфекций ведет в переболевшей популяции к повышенной скорости распространения вируса. Внешне, по скорости распространения в популяции, это может даже выглядеть как повышенная заразность. При этом дело, конечно, не в заразности самой по себе (о которой для омикрона мы пока ничего не знаем), а в том, что у такого уходящего от иммунитета вируса просто больше «потенциальная аудитория» для успешных инфекций (подробнее об этом, например, здесь).
Возможно, именно этим объясняется высокая скорость распространения инфекции в ЮАР, которая действительно наблюдается на фоне появления нового варианта. Так, в начале ноября ежедневно регистрировалось около 300 новых случаев заражения, а 2 декабря (последняя дата, на которую есть данные) зафиксировано 11 535 инфекций. При этом растет и доля положительных среди всех проводящихся тестов — а значит, в реальности рост инфицированных еще больше (см. график ниже).
Сопостравление трех волн ковида в ЮАР с данными количества инфекций и соответствующей долей положительных тестов. Видно, что нынешняя волна — самая быстроратущая из всех, что наблюдались до сих пор
Нужно подчеркнуть два аспекта нового исследования, которые очень важны для правильного понимания его выводов.
- Во-первых, в нем идет речь именно об инфекциях, которые определяются с помощью лабораторных тестов, а не о диагностированных заболеваниях. Не всякая инфекция приводит к заболеванию, вызывающему хоть какие-либо симптомы, и в этом отношении повторные инфекции могут сильно отличаться от первичных. Есть веские основания считать, что повторные инфекции проходят в среднем гораздо легче, чем первичные.
- Во-вторых, авторы никак не учитывали статус вакцинации людей — информации об этом просто не было в тех базах данных, с которыми они работали. Отличается ли риск повторной инфекции омикроном у людей, прошедших вакцинацию, и у ранее переболевших, мы пока не знаем. Эта разница может быть существенна, но чтобы ее установить, требуются дополнительные исследования.
Александр Ершов
Attack rate
Доля заболевших среди контактных лиц, в данном случае равная 10%, называется attack rate. Это очень много — в реальности такая доля примерно соответствует вероятности заразится для очень тесных контактов внутри одно домохозяйства. В статье доля найденных реинфекций была существенно ниже — 35670 из 2,79 миллиона подтвержденных случаев ковида. Это, однако, только обнаруженные реинфекции — сколько повторных заражений было в реальности, мы не знаем.
Откуда эта информация?
Эти мутации были установлены по результатам прочтения геномов вирусов из провинции Гуантен и других регионов ЮАР.
Какие тесты?
Использовались и ПЦР-тесты и антигенные экспресс-тесты (тест-полоски).